Fundado em 8 de dezembro de 1942, o Botafogo de Futebol e Regatas surgiu de uma fusão entre o Club de Regatas Botafogo (fundado em 1 de julho de 1894) e o Botafogo Football Club (de 12 de agosto de 1904). No entanto, a data considerada oficial do aniversário do Alvinegro é a última, já que foi nesta data que se inaugurou o departamento de futebol do clube. O time de futebol surgiu graças a uma ideia de dois jovens estudantes: Flávio Ramos e Emmanuel Sodré. Junto com os amigos, fundaram o Electro Club, que mais tarde ganharia o nome do bairro onde foi fundado, Botafogo.
Nos primeiros anos, disputou o Campeonato Carioca e disputou o título com o Fluminense em 1907, mas o torneio terminou sem um campeão. Noventa anos depois, após uma disputa judicial, a conquista foi dividida entre os clubes. Este é considerado o primeiro título carioca do Fogão. Em seguida, veio o apelido de "O Glorioso", que acabou ficando para sempre. Os títulos de 1910 e 1912 colocaram de vez o nome do clube no cenário carioca do esporte. O clube passaria por sua primeira grande entressafra logo em seguida. Até 1930, nenhuma conquista de Carioca. No entanto, quando o jejum acabou, foram cinco títulos em seis anos, incluindo o até hoje inédito tetracampeonato(1932/33/34/35). Liderados pelo atacante Carvalho Leite, a "Maravilha da Serra", o Botafogo voltava a figurar em destaque.
Em 1942, finalmente veio a fusão entre o futebol e o remo. Depois de alguns anos de vicecampeonatos e frustrações, o Alvinegro levantou a taça que se tornaria uma das mais simbólicas de sua História. Com 17 vitórias em 20 jogos, o Botafogo foi campeão carioca sobre o "Expresso da Vitória" vascaíno, considerado o maior time carioca da época. Personagens importante foram o supersticioso presidente Carlito Rocha e jogadores como Nilton Santos, Osvaldo Baliza e Pirillo.
Na década de 1950, começava a se desenhar o Botafogo mais fantástico de todos os tempos. Mais especificamente em 1953, chegou a General Severiano um certo Manoel Francisco dos Santos. Baixo, atarracado, de pernas tortas. Mas que, em seu primeiro treinamento, chamou tanta atenção que o já renomado Nilton Santos pediu que fosse contratado. Um prenúncio do que estava por vir. Em 1957, o jornalista e ex-jogador botafoguense João Saldanha se tornou técnico do clube. Com um verdadeiro esquadrão formado por Garrincha, Didi, Paulinho Valentim, Nilton Santos e Quarentinha, o clube atropelou o Fluminense na decisão do Carioca: 6 a 2, até hoje a maior goleada da História de finais de Carioca.
No ano seguinte, o clube cedeu Garrincha, Didi, Nilton e Zagallo para a Seleção Brasileira campeã mundial pela primeira vez, na Suécia. Já com jogadores reconhecidos a nível mundial, a fama e o poderio alvinegro só aumentaram. Após excursões e títulos internacionais, o Botafogo voltou a ser campeão em dois anos seguidos, 1961 e 1962, além de um Rio-São Paulo. Neles, Mané Garrincha, maior ídolo alvinegro, voltou a ser grande estrela, como seria na Copa do Mundo do Chile, em que o Brasil voltou a vencer. O poderoso Santos de Pelé tinha, de fato, um rival à altura.
Já sem Garrincha, o Fogão não deixou de levantar troféus. Campeão do Roberto Gomes Pedrosa de 1966 e do Torneio de Caracas, o Botafogo voltou a ser bicampeão carioca em 1967/68, com craques históricos como Gérson, Jairzinho, Paulo César Caju e Roberto Miranda. Ainda em 1968, veio o título da Taça Brasil, sobre o Fortaleza. Mas o começo dos anos 70 foi marcado por muitas frustrações. O time perdeu a final do Carioca de 1971 para o Fluminense, foi vicecampeão brasileiro em 1973 e acabou eliminado da Libertadores daquele ano pelos chilenos do Colo-Colo, no último minuto.
E a síndrome do "quase" ainda levaria muito tempo para deixar de atormentar o torcedor botafoguense. Mesmo contando com grandes jogadores, o time não conquistava títulos. A sede de General Severiano chegou a ser vendida em 1977. Mas o suplício alvinegro acabaria em 1989. Depois de 21 anos sem troféus, uma geração liderada por Mauro Galvão, Josimar e Paulinho Criciúma levou o clube à nova glória. Com o gol de Maurício, aos 12 minutos do segundo tempo, o Fogão vencia o Flamengo por 1 a 0 e acabava com um jejum de mais de duas décadas.
O bi estadual viria em 1990, sobre o Vasco, mas o Botafogo agora almejava o título do Campeonato Brasileiro. Em 1992, o Alvinegro chegou perto após fazer uma campanha brilhante, mas acabou perdendo a decisão para o rival Flamengo, em duas partidas. Mesmo com o consolo do título da Copa Conmebol do ano seguinte, o Fogão não perdeu o foco e se mirou no torneio nacional. Em 1995, o time de Túlio Maravilha, Donizete, Sérgio Manoel, Gonçalves, Gottardo e Wágner se tornou, finalmente, campeão brasileiro. Na final, empate com o Santos em 1 a 1, com gol de Túlio, depois de um 2 a 1 para o Fogão no Maracanã. A festa alvinegra estava, mais uma vez, garantida.
As glórias permaneceriam até o fim da década, com mais um título carioca (1997) e de um Rio-São Paulo (1998). Porém, a página mais triste da História do clube aconteceu já no Século XXI. O time terminou na lanterna do Brasileirão-2002 e foi rebaixado para a Segunda Divisão pela primeira vez em sua História. Mesmo com o cenário de desolação, o Botafogo foi à luta e voltou à elite, terminando a Série B em segundo lugar. O campeão foi o Palmeiras, que fizera companhia ao Alvinegro no rebaixamento da temporada anterior.
Depois de um novo Carioca vencido em 2006, o Fogão amargou três vicecampeonatos seguidos para o maior rival, Flamengo (2007/08/09), além de eliminações traumáticas na Copa do Brasil e na Sul-Americana de 2007. No entanto, a salvação para os ventos de pouca sorte veio do Uruguai. O atacante Loco Abreu liderou o Botafogo rumo à conquista do Carioca de 2010, justamente sobre os rubro-negros. Em um pênalti batido com direito a "cavadinha", o camisa 13 fez o gol que garantiu a desforra alvinegra sobre os maiores rivais, além do 19º título carioca da História alvinegra.
